Er verbesserte seine Apparatur hinsichtlich der Stärke der Magnete und des Auflösungsvermögens seines Spektroskops und konnte anhand der blaugrünen Linie im Spektrum des Kadmiums die Lorentzschen Voraussagen der Aufspaltung in ein Dublett und Triplett bestätigen. Am 31. Oktober 1896 reichte er bei der Amsterdamer Akademie den ersten seiner insgesamt fünf Aufsätze ein, in dem er darstellte, dass sich die Spektrallinien einer Lichtquelle im starken Magnetfeld in mehrere polarisierte Komponenten aufspalten. Durch dieses Phänomen, das als Zeeman-Effekt bezeichnet wird, bestätigte er die Elektronentheorie der Wechselwirkung von Licht und Materie seines Lehrers Lorentz. Aus der Verschiebung der Spektrallinien im Magnetfeld konnte auch auf ein unerwartet hohes Verhältnis von Ladung zu Masse des Teilchens geschlossen werden, was durch die entsprechenden Werte für das etwa um dieselbe Zeit (1896/7) in Kathodenstrahlen entdeckte Elektron (Joseph John Thomson, Emil Wiechert und andere) bestätigt wurde. In gewisser Weise kommt hier also auch Zeeman eine Priorität zu – während Thomson das freie Elektron untersuchte, „entdeckte“ er das im Atom gebundene Elektron.
Die durch Thomas Preston (1860–1900), Alfred Cornu und Albert A. Michelson 1898 fast gleichzeitig und unabhängig voneinander entdeckten „anomalen“ Aufspaltungen von Spektrallinien in Quartetts, Sextetts, Oktetts usw., die trotz des Namens viel häufiger sind, konnten allerdings durch Lorentz Theorie nicht erklärt werden. Das wurde „anomaler Zeemaneffekt“ genannt und konnte erst ab 1925 mit der Einführung des Elektronenspins und der Entwicklung der Quantenmechanik zufriedenstellend erklärt werden.Für die gemeinsame Forschung über den Einfluss des Magnetismus auf die Strahlung erhielt Pieter Zeeman zusammen mit seinem Lehrer Hendrik Antoon Lorentz 1902 den Nobelpreis für Physik..