Seitdem arbeitet er als freier Dirigent. Gastdirigate hatte er an der Metropolitan Opera New York, der Arena von Verona (beide 1987), an der San Francisco Opera (1997), an der Königlichen Oper Stockholm und weiteren Häusern in Europa, Amerika und Japan.
In der Saison 2002/2003 gastiert er unter anderem an den Opernhäusern von Santiago de Chile, Hamburg, München und Wien und an der Finnischen Nationaloper Helsinki. Seit 2006 ist er Musikalischer Leiter des Richard-Wagner-Festivals in Wels, wo er unter anderem 2006 Parsifal und Der Fliegende Holländer, 2009 Parsifal und Lohengrin sowie 2010 Parsifal und Tristan und Isolde dirigierte.
In der Saison 2007/2008 dirigierte Ralf Weikert Lucia di Lammermoor (Gaetano Donizetti) und Der Barbier von Sevilla (Gioachino Rossini) und Die Fledermaus (Johann Strauss) am Opernhaus Zürich sowie Ariadne auf Naxos in Tokio..