1877 wurde er Honorarprofessor für mittelalterliche Geschichte an der Universität Jena. 1885 folgte der Ruf als ordentlicher Professor an die Universität Breslau, 1888 an die Universität Tübingen und 1896 nach Heidelberg. Schließlich übernahm Schäfer 1903 den Lehrstuhl von Paul Scheffer-Boichorst an der Friedrich-Wilhelms-Universität in Berlin, wo er bis 1921 lehrte. Als Schüler Heinrich von Treitschkes teilte er dessen stark antisemitische Positionen; 1908 verhinderte er mit einem antisemitischen Gutachten die Berufung Georg Simmels an die Universität Heidelberg. Die Nationalsozialisten betrachteten den 1929 verstorbenen Historiker als einen ideologischen Vorkämpfer und ehrten ihn 1934 mit der Umbenennung eines Weges in Berlin-Steglitz. - Mit Sammlervermerk in Blei. Leicht gebräunt..