1893 habilitierte er sich an der Universität Basel. Er bewarb sich fünfmal vergeblich um einen Lehrstuhl in Deutschland. Sein erstes großes Werk, Der echte und der xenophontische Sokrates fand bei dem Basler klassischen Philologen Georg Ferdinand Dümmler Anerkennung, was möglicherweise bewirkte, dass Joël 1897 an die Universität Basel berufen wurde. Joël wurde dort 1897 außerordentlicher, 1902 ordentlicher Professor. Im Jahre 1913 wurde er zum Rektor der Universität Basel gewählt. In seiner Basler Zeit behandelte er nicht nur die antike Philosophie, sondern auch andere Themen, und sein philosophischer Ansatz zeigte eine eindeutige Neigung zur Lebensphilosophie. So entstand 1912 sein Hauptwerk Seele und Welt, in dem sich sein lebensphilosophischer Ansatz am deutlichsten darstellt.
Nach dem Erscheinen von Seele und Welt zeigte seine Philosophie andere Tendenzen. Seine 1917 verfasste Schrift Die Vernunft in der Geschichte stand unter dem Eindruck des Ersten Weltkriegs. Seine späteren Werke Geschichte der antiken Philosophie und Wandlungen der Weltanschauung orientieren sich an der Geschichtsphilosophie und fanden damals große Beachtung..