Seine im Namen der Neutralitätspolitik unterlassene Verurteilung bekanntwerdender Gräueltaten der Nazis blieb zeitlebens kontrovers.
Die Vereinigte Bundesversammlung wählte Philipp Etter als Nachfolger von Jean-Marie Musy am 28. März 1934 im ersten Wahlgang in den Bundesrat. Von Albert Meyer übernahm er am 1. Mai 1934 das Eidgenössische Departement des Innern. Das Parlament bestätigte ihn 1935, 1939, 1943, 1947, 1951 und 1955 im Amt. Er war 1938, 1941, 1946 und 1952 Vizepräsident des Bundesrates und 1939, 1942, 1947 und 1953 Bundespräsident. Nach dem Rücktritt von Bundesrat Marcel Pilet-Golaz war er 1945–1959 amtsältestes Regierungsmitglied. In Absprache mit Martin Rosenberg, dem Generalsekretär seiner Partei, verzichtete er 1955 auf das Vizepräsidium des Jahres 1956 und damit auf das Amt des Bundespräsidenten im Jahre 1957, um bei einem Rücktritt eines freisinnigen Bundesrates eine Doppelvakanz herbeiführen zu können. Dieses Szenario ergab sich erst vier Jahre später. Zusammen mit Hans Streuli gab er am 19. November 1959 seine Demission auf den 31. Dezember 1959 bekannt..