Obwohl überwiegend atonal komponierend, klingt seine Musik in hohem Maße verständlich. Sie ist gekennzeichnet durch tänzerische Leichtigkeit, klare Strukturen, geistreich-elegante Instrumentierung und pointierten Witz. Durch eine nahezu asketisch verschlankte Schreibweise ist sie frei von jedem falschen Pathos.
Ab 1960 wandte sich Blacher (in Kooperation mit dem Elektronik-Studio der TU Berlin) intensiv auch elektronisch erzeugter Musik zu und bezog sie in sein umfangreiches Œuvre ein. Zeitlebens an Jazz interessiert, war er überdies stets offen für alle Strömungen und Tendenzen Neuer Musik. Er vertrat dies immer auch seinen Schülern gegenüber, die aus allen Teilen der Welt zu ihm kamen. Die Liste seiner ehemaligen Studenten liest sich wie ein Who-is-who der in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts bekannten und bedeutenden internationalen Komponistengeneration. Zu ihnen zählten z. B. Gottfried von Einem, Heimo Erbse, Fritz Geißler, Günter Kochan, Rudolf Kelterborn, Giselher Klebe, Peter Ronnefeld, Heinz von Cramer, Thomas Kessler, Francis Burt, Isang Yun, Max Baumann, Claude Ballif, Hans Eugen Frischknecht, Maki Ishii, Noam Sheriff, George Crumb, Richard Trythall, Kalevi Aho, Klaus Huber und Aribert Reimann. Auch der Dirigent Herbert Kegel war ein Schüler von Blacher..